中心前身是1960年4月組建的甘孜州衛(wèi)生防疫站，2003年疾控體制改革時組建為甘孜藏族自治州疾病預防控制中心。中心是從事疾病預防控制與公共衛(wèi)生技術管理和服務的公益一類事業(yè)單位，主要承擔轄區(qū)內疾病預防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與控制、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術指導與應用研究7大職能25個類別255項具體工作任務。半個世紀以來，中心認真貫徹“預防為主”的衛(wèi)生工作方針，在各級黨政和衛(wèi)生行政主管部門正確領導和關心支持下，歷經(jīng)疾控人員的艱辛創(chuàng)業(yè)，勵精圖治、銳意改革、求實奮進、開拓創(chuàng)新，創(chuàng)建了康巴疾控事業(yè)的光輝業(yè)績，走過了康巴疾控事業(yè)從無到有、從小到大并逐步發(fā)展壯大的光輝歷程，為保障群眾身體健康和生命安全做出了積極貢獻。中心下設辦公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、衛(wèi)生科、檢驗科、質控科七科一室，及工青婦群團組織，是一個藏、漢、回等多民族組成的大家族。經(jīng)幾代疾控人的努力，全州傳染病總發(fā)病率有了大幅度下降，建立了從縣到州到省直至國家衛(wèi)生部的傳染病疫情與突發(fā)公共衛(wèi)生事件報告網(wǎng)絡系統(tǒng)和各種疾病專報網(wǎng)絡系統(tǒng)，傳染病監(jiān)測工作得到了進一步加強。通過持續(xù)落實防控措施，鼠疫、包蟲病重大傳染病防治工作取得顯著成效；通過強力推進全州預防接種規(guī)范化、精細化管理工作，疫苗針對傳染病發(fā)病率大幅度下降；全面推行結核病“三位一體”新型防治服務體系，強化病人管理，肺結核發(fā)病率呈現(xiàn)下降趨勢；建立艾滋病“三線一網(wǎng)底”管理機制，防治工作有力推進；持續(xù)開展大骨節(jié)病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效顯著。先后榮獲國家、省、州授予的“先進集體”、“先進科研集體”等榮譽稱號、表彰獎勵70余次，科研成果獎20多項。涌現(xiàn)出一批全國、省、州先進個人、先進工作者和有突出貢獻的專家。