藥物所成立于1958年8月，隸屬于中國醫學科學院北京協和醫學院。藥物所學科齊全，下設合成藥物化學、天然藥物化學、藥理學、藥物分析、生物合成、藥物篩選、藥物晶型、藥物制劑、藥物代謝、新藥開發、安全評價等研究科室，具有很強的藥物研發能力。建所六十年來，藥物所已研制上市新藥百余種, 獲新藥證書130項，其中以人工麝香、高三尖杉酯堿、聯苯雙酯、雙環醇、丁苯酞、金水寶、艾瑞昔布、丹參多酚酸等為代表的原創新藥21項。藥物所主辦學術期刊有《藥學學報》、Chinese Chemical Letters (CCL，中國化學快報)、Journal of Asian Natural Products Research (JANPR，亞洲天然產物研究雜志)及Acta Pharmaceutica Sinica B (APSB，藥學學報英文刊)，三本英文期刊均為SCI收錄期刊。