中心前身為省衛(wèi)生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經(jīng)省機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)批準(zhǔn)，撤并省衛(wèi)生防疫站、省結(jié)核病防治研究所組建成立省疾病預(yù)防控制中心，核定編制470人，規(guī)格副廳級(jí)，經(jīng)費(fèi)實(shí)行全額預(yù)算管理。2006年2月，整體搬遷至鄭東新區(qū)，占地80畝，總建筑面積34190平方米。設(shè)立9個(gè)業(yè)務(wù)所（中心）、6個(gè)職能處室、13個(gè)直屬科室。擁有各類儀器設(shè)備總價(jià)值1.56億元，達(dá)到國(guó)內(nèi)一流水平。通過國(guó)家認(rèn)可委的認(rèn)可和原衛(wèi)生部的計(jì)量認(rèn)證，認(rèn)證認(rèn)可項(xiàng)目達(dá)976項(xiàng)，被商務(wù)部第一批授予“定點(diǎn)食品安全檢測(cè)機(jī)構(gòu)”， 2014年獲國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局“保健食品注冊(cè)檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)”資質(zhì)認(rèn)可，被原國(guó)家衛(wèi)計(jì)委授予“國(guó)家食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)河南中心”。目前已經(jīng)獲5項(xiàng)國(guó)家檢測(cè)檢驗(yàn)認(rèn)可資質(zhì)。建有全省唯一的BSL-3實(shí)驗(yàn)室、49個(gè)BSL-2實(shí)驗(yàn)室（其中10個(gè)為加強(qiáng)型BSL-2實(shí)驗(yàn)室）、省A級(jí)SPF動(dòng)物實(shí)驗(yàn)室、菌（毒）種保藏中心、國(guó)家級(jí)艾滋病確證實(shí)驗(yàn)室、WHO認(rèn)證的脊灰實(shí)驗(yàn)室、結(jié)核病參比實(shí)驗(yàn)室、淮河流域癌癥綜合防治項(xiàng)目實(shí)驗(yàn)室，以及“國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)”區(qū)域中心實(shí)驗(yàn)室等。