中心成立于1950年，2005年由原新鄉市衛生防疫站更名為新鄉市疾病預防控制中心，現位于鴻源路中段，占地面積14.36畝，總建筑面積7068.69m2。機構規格副處級，內設15個科室。內設科室有：辦公室、人事科(離退休人員工作科）、財務科、藥械與后勤管理科、科教科、信息中心、傳染病預防控制與應急辦公室、免疫預防與規劃科、地方病與寄生蟲病預防控制科、公共衛生科、慢性非傳染性疾病防治科、性病艾滋病防治科、消毒與媒介生物控制科、衛生檢測檢驗中心（質量控制管理科）、預防醫學門診部（從業人員健康檢查管理科）。主要承擔以下工作任務：貫徹落實《傳染病防治法》等有關法律、法規和規定，完成國家和省市下達的重大疾病預防控制指令性任務，組織實施疾病預防控制規劃、方案，負責開展傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病等重大疾病的流行病學監測，制定并實施預防控制對策；組織實施轄區內國家免疫預防規劃和預防性生物制品的使用與管理；參與調查處理重大傳染病疫情、不明原因疾病及其他突發公共衛生事件等重大公共衛生問題；開展食源性疾病、學生常見病、環境危害因素和消毒質量等健康危害因素監測與控制，管理轄區疫情及相關公共衛生信息；開展疾病預防控制科學研究和交流；指導轄區內醫療衛生機構傳染病防治工作；承擔衛生行政主管部門委托的與衛生監督執法相關的檢驗檢測任務；按照相關規定承擔相關食品安全與衛生檢測、檢驗和衛生學評價；參與推進落實國家基本公共衛生服務均等化和健康教育與促進相關工作；負責對下級疾病預防控制機構的業務指導、業務考核和人員培訓；承擔上級交辦的其他事項。