長江流域生態環境監督管理局為生態環境部正局級派出機構，設在武漢，實行生態環境部和水利部雙重領導、以生態環境部為主的管理體制。長江流域生態環境監督管理局在長江入海斷面以上流域和瀾滄江以西（含瀾滄江）區域，依據法律、行政法規規定和生態環境部授權或委托，負責水資源、水生態、水環境方面的生態環境監管工作，主要承擔以下職責：1、組織編制流域生態環境規劃、水功能區劃，參與編制生態保護補償方案，并監督實施；2、提出流域水功能區納污能力和限制排污總量方案建議；3、建立有跨省影響的重大規劃、標準、環評文件審批、排污許可證核發會商機制，并組織監督管理；4、參與流域涉水規劃環評文件和重大建設項目環評文件審查，承擔規劃環評、重大建設項目環評事中事后監管；5、指導流域內入河排污口設置，承辦授權范圍內入河排污口設置的審批和監督管理；6、指導協調流域飲用水水源地生態環境保護、水生態保護、地下水污染防治有關工作；7、組織開展河湖與岸線開發的生態環境監管、河湖生態流量水量監管，參與指導協調河湖長制實施，河湖水生態保護與修復；8、組織協調南水北調等重大工程水源地水質保障；9、組織開展流域生態環境監測、科學研究、信息化建設、信息發布等工作；10、組織擬訂流域生態環境政策、法律、法規、標準、技術規范和突發生態環境事件應急預案等；11、承擔流域生態環境執法、重要生態環境案件調查、重大水污染糾紛調處、重特大突發水污染事件應急處置的指導協調等工作；12、指導協調監督流域內生態環境保護工作，協助開展流域內中央生態環境保護督察工作；13、承擔生態環境部交辦的其他工作。