長江流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)督管理局為生態(tài)環(huán)境部正局級派出機構(gòu)，設(shè)在武漢，實行生態(tài)環(huán)境部和水利部雙重領(lǐng)導(dǎo)、以生態(tài)環(huán)境部為主的管理體制。長江流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)督管理局在長江入海斷面以上流域和瀾滄江以西（含瀾滄江）區(qū)域，依據(jù)法律、行政法規(guī)規(guī)定和生態(tài)環(huán)境部授權(quán)或委托，負(fù)責(zé)水資源、水生態(tài)、水環(huán)境方面的生態(tài)環(huán)境監(jiān)管工作，主要承擔(dān)以下職責(zé)：1、組織編制流域生態(tài)環(huán)境規(guī)劃、水功能區(qū)劃，參與編制生態(tài)保護補償方案，并監(jiān)督實施；2、提出流域水功能區(qū)納污能力和限制排污總量方案建議；3、建立有跨省影響的重大規(guī)劃、標(biāo)準(zhǔn)、環(huán)評文件審批、排污許可證核發(fā)會商機制，并組織監(jiān)督管理；4、參與流域涉水規(guī)劃環(huán)評文件和重大建設(shè)項目環(huán)評文件審查，承擔(dān)規(guī)劃環(huán)評、重大建設(shè)項目環(huán)評事中事后監(jiān)管；5、指導(dǎo)流域內(nèi)入河排污口設(shè)置，承辦授權(quán)范圍內(nèi)入河排污口設(shè)置的審批和監(jiān)督管理；6、指導(dǎo)協(xié)調(diào)流域飲用水水源地生態(tài)環(huán)境保護、水生態(tài)保護、地下水污染防治有關(guān)工作；7、組織開展河湖與岸線開發(fā)的生態(tài)環(huán)境監(jiān)管、河湖生態(tài)流量水量監(jiān)管，參與指導(dǎo)協(xié)調(diào)河湖長制實施，河湖水生態(tài)保護與修復(fù)；8、組織協(xié)調(diào)南水北調(diào)等重大工程水源地水質(zhì)保障；9、組織開展流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)測、科學(xué)研究、信息化建設(shè)、信息發(fā)布等工作；10、組織擬訂流域生態(tài)環(huán)境政策、法律、法規(guī)、標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)規(guī)范和突發(fā)生態(tài)環(huán)境事件應(yīng)急預(yù)案等；11、承擔(dān)流域生態(tài)環(huán)境執(zhí)法、重要生態(tài)環(huán)境案件調(diào)查、重大水污染糾紛調(diào)處、重特大突發(fā)水污染事件應(yīng)急處置的指導(dǎo)協(xié)調(diào)等工作；12、指導(dǎo)協(xié)調(diào)監(jiān)督流域內(nèi)生態(tài)環(huán)境保護工作，協(xié)助開展流域內(nèi)中央生態(tài)環(huán)境保護督察工作；13、承擔(dān)生態(tài)環(huán)境部交辦的其他工作。