芳村小學(xué)前身為至愛初等小學(xué)堂，地址在謝氏宗祠內(nèi)，還有觀潮和碧溪兩間祠堂作為教學(xué)和學(xué)生活動場所。學(xué)堂創(chuàng)辦于光緒三十一年（1905年）。當(dāng)年，旅美僑領(lǐng)謝行川先生有感家鄉(xiāng)子弟求學(xué)困難，集資捐建學(xué)校。他從海外回國后，重修當(dāng)時的謝氏學(xué)堂，改名為至愛初等小學(xué)堂。當(dāng)時的校訓(xùn)是“至誠、親愛、勤奮、刻苦”。

至愛小學(xué)堂又是革命的搖籃，1924年在這里成立了廣州市郊區(qū)第一個農(nóng)民協(xié)會，成為訓(xùn)練農(nóng)民自衛(wèi)軍的基地，培養(yǎng)了一批批革命志士。

1938年期間，由于芳村中市一帶遭到恐怖鎮(zhèn)壓，不少居民逃離中市到別處居住，因此，至愛小學(xué)停辦了幾年。1944年，學(xué)堂繼續(xù)開辦，1945年改名為至愛小學(xué)校。

建國初期，至愛小學(xué)仍為私立學(xué)校，1956年改為公立學(xué)校，先后定名為芳村第三小學(xué)、塘邊街小學(xué)，“文化大革命”期間，更名為東方紅小學(xué)，1978年改名為芳村小學(xué)。作為當(dāng)時區(qū)內(nèi)四所中心小學(xué)之一，學(xué)校辦學(xué)規(guī)模發(fā)展較快，教育教學(xué)質(zhì)量也在區(qū)內(nèi)穩(wěn)居前茅，1995年學(xué)校被評為省一級學(xué)校。1998年，增設(shè)紅棉苑分校。

2003年7月6日，學(xué)校整體搬遷至翠竹苑小區(qū)，掀起了發(fā)展史上的新篇章。新校園占地面積13315平方米，建筑面積13599平方米。

學(xué)校以“崇真尚美”為辦學(xué)理念，圍繞“弘揚傳統(tǒng)美德、兼容中西文化、塑造崇真品格、奠基理想人生”的辦學(xué)思路，全力打造“人文科技”的辦學(xué)特色。