顧起元，萬歷二十年（1592）與何棟如、俞彥等人在鄉里共結文社。萬歷二十五年（1597）鄉試第十二名，第二年會試第一人，殿試一甲第三人，授翰林編修，曾上《祈天永命》疏，針砭時弊，竭誠備述，但未被采用。萬歷三十八年（1610）升任南京國子監司業，四十三年（1615）六月為祭酒。終于吏部左侍郎兼翰林侍讀學士。晚年遷到杏花村，筑遁園隱居。他在《詠遁園》詩中所說：“可以息機，可以謝事，可以養疴”。另一首《詠遁園》詩中題曰：“其地不盈弓，記貴遠俗狀；自無車馬音，但有煙霞相”。自書《遁園記》“園何以名遁，志遁也，遁矣園之云乎哉？遁于志惟園寄之，故曰遁。非待園而遁也，遁之為言也。”崇禎元年（1628）卒，葬于江寧云臺山，諡文莊。

　　顧起元為人通達，并不貪戀官場的虛華。對于學問文章，他所持態度也是一絲不茍，先博覽群書，而后提筆作文?！秵⒌澮俺恕ゎ櫸那f傳》說：“顧起元端靜淵穆，不溷溷為同，……胸中絕無畛城。而學問宏博，凡古今成敗、人物臧否以致諸曹掌故，無不究心，口陳指畫，歷歷如睹?！鳖櫰鹪m然通籍三十年，但是多次上奏折請朝廷準許他告老還鄉，在朝為官僅僅五載之短。但是他即便在任上仍注意撰述，他著名的文集《說略》三十卷，在任上“已經基本完成，只是萬歷三十三年，解京職歸鄉途中，遇到大河決堤乘船被大風浪損壞，他所著的《說略》手稿因此丟失。在他解職歸鄉以后，當時的朝廷曾七次下詔書想讓他重新回京任職，但生性淡泊的顧起元都一一推拒了。他的朋友曾因此為他的居所題名為“七召亭”。因而，他雖然通籍三十年，但大部時間是以隱居為生。天啟間，江寧有人為宦官魏忠賢立生祠，官府“乞文辭”，他以手疾不作。門人復以重金求札，也被他拒絕。

　　雖然屢征不起，但顧氏仍然關心國事，并更加勤于著述。萬歷四十一年（1613），他尋訪到《說略》的副本，重新編訂為三十卷刊行。萬歷四十五年（1617），他撰寫《客座贅語》十卷。萬歷四十六年（1618），又自訂《懶真草堂集》，詩二十卷，文三十卷。萬歷四十八年（1620），顧氏輯匯《金陵古金石考目》。天啟三年（1623），著《蟄庵目錄》四卷。天啟四年（1624），增訂《說略》為六十卷刊行。同時他還著有《寒松館游覽詩》、《歸鴻館雜著》等八種，由此可見其學識之淵博。

　　然而世事不公，他雖是博學通才，但他的才學策略卻并未被當世所用。因此，顧起元所著的《焦澹園太史墓志銘》中寫道：“先生之官磧在金馬玉堂，先生之道價在儒林文苑，先生之大業在名山國門，先生之風教在九洲四海，先生之遺愿在稷丘槐市。”表面上是在抒發情懷用以悼念先人的高風亮節，實際上是對其自身的寫照。