2003年，根據國家衛生防疫體制改革要求，在原樂山市衛生防疫站基礎上重新組建樂山市疾病預防控制中心,在衛生行政部門的領導下，具體實施政府對疾病預防控制、衛生監督執法技術支撐、健康教育、應用性研究的職能。中心現有在職職工102人，專業技術人員71人。其中高級專業技術人員13人，中級專業技術人員27人，碩士研究生6名。中心實驗室占地近2000平方米，現有理化實驗室、微生物實驗室以及臨床檢驗實驗室，擁有熒光定量PCR儀、全自動血球分析儀、全自動生化分析儀、蛋白印跡儀、流式細胞儀、全自動細菌鑒定儀、全自動加樣系統、全自動分液系統、氣相色譜儀、液相色譜儀、原子吸收光譜儀、離子色譜儀、紫外分光光度儀、ICP等先進的檢測儀器設備。近幾年，中心又先后投入數百萬元建設了食品檢驗室、水質檢驗室、碘分析室、精密儀器室、百級潔凈室、萬級潔凈室、衛生細菌檢驗室、腸道病原菌檢驗室、分子生物學實驗室、流式細胞檢測室、艾滋病篩查確證實驗室、流感培養實驗室（負壓）以及結核藥敏實驗室（負壓）。中心通過實驗室計量認證，取得了職業衛生技術服務機構資質證書、職業健康檢查機構資質證書、職業病診斷機構資質證書，全省率先開展公共場所集中空調通風系統衛生學評價，艾滋病實驗室是全省最早開展艾滋病確認的市級實驗室。中心按照《疾病預防控制機構建設若干規定》對市級疾控中心的要求開展了疾病控制、衛生應急、免疫規劃、健康危害因素監測、健康體檢、檢驗檢測等各項業務工 作。其中艾滋病防治工作成績突出，在國內外有一定的知名度，每年均有來自國內外的組織或代表團來我中心考察觀摩艾滋病防治工作。